三江源是世界上海拔最高、江河湿地面积最大、生物多样性最为集中的地区之一。但由于种种原因，目前三江源地区的生态环境日趋恶化，灾害频繁，生态系统极其脆弱，影响着长江、黄河、澜沧江中下游地的工农业发展和人民群众的生产生活安全。
穆东升说，青海省因是大江大河的发源地而被誉为“中华水塔”。但近年来，长江、黄河、澜沧江三江源头地区湖泊萎缩，湿地退化，径流量减少。素有“千湖之县”美称的玛多县境内众多湖泊水位下降甚至干涸，沼泽低湿草甸植被正向中旱生高原植被演变，大片沼泽地消失、干燥并裸露。黄河源头两大淡水湖泊鄂陵湖和扎陵湖两湖之间于一九九六年首次出现断流。源头地区冰川退缩，雪线上升，“中华水塔”的水资源供给量明显下降。
三江源地区草地退化严重，鼠虫害猖獗。据统计，退化、沙化草地面积已达一千多万公顷，占到青海省可利用草地面积的百分之五十三。草地产草量明显下降，草原鼠害面积五百五十万公顷，占可利用草场的百分之二十八。三江源地区土地沙漠化加速发展。据有关部门统计，沙漠化土地面积已达二百五十多万公顷，而且土地荒漠化和草地退化速度仍在不断加快，这些沙化的土地现在每年要向长江、黄河输送泥沙一亿多吨。
三江源地区是高原生物多样性最集中的地区，然而由于生态环境的恶化和人为破坏，这一地区的生物多样性种类和数量锐减。国家一级保护野生动物——藏羚由原来的十万余只下降到了现在的三万余只，马麝已濒临灭绝，白唇鹿、马鹿、雪豹等国家级野生保护动物数量锐减。