示威人士在遊行中沿途呼叫"董建華下臺"等口號。在離升旗儀式不遠處，數十名"四五行動"的成員手持橫額和一個墓碑遊行示威，抗議香港在主權移交以來政府在人權、法治和民主方面的倒退。曾一度因爲警方要求他們改道遠離升旗儀式的地點而和警方發生衝突。
示威的高潮是由來自香港30多個不同團體組成的民主聯盟舉行的遊行示威。遊行的隊伍從香港的維多利亞公園出發，經過灣仔遊行到中環的政府總部。參加遊行的人數不超過一千人。
走在遊行隊伍最前面的有民主黨立法會議員李柱銘、支聯會主席司徒華、職工盟立法會議員劉千石和四五行動的梁榮忠。 遊行的隊伍高呼要求實行一人一票普選行政長官的口號，也有爭取居港權人士參加了遊行。有遊行人士指出，他們不滿主權移交以來政府及特首董建華的表現，他們要求董建華下臺及反對他連任。
發起遊行的組織在主權移交紀念日前數週，在香港各地收集到將近3萬個香港市民的簽名，支持實行一人一票普選行政長官。
另外來自香港多個以長者及低收入人士爲主的民間團體數十人冒雨在政府總部門前請願，呼籲政府關注社會低下層人士的生活，改善民生，保護長者權益。特區行政長官董建華親自接過他們的請願信，向他們了解訴求。
四千多名香港新界的原居民，也趁機來到香港中環的政府總部示威，要求政府捍衛基本法保障新界原居民傳統權益的規定，要求政府廢除新界原居民村雙村長制。
香港市民在主權移交紀念日所表現出來的不滿情緒，與謀求連任的董建華過份獻媚北京有關，尤其是在對待法輪功一事上，完全是鸚鵡學舌重複江澤民政府的調調。有誰會支持一個爲了個人烏紗帽而失去是非判斷能力，黑白不分的傀儡特首連任呢？