康熙帝当政61年，在国内和对外斗争中都为中国历史留下了值得重视的篇章。在国内，康熙帝统治期间，中国形成了一个疆域辽阔、民族众多、相当强大统一的封建国家；封建的经济、文化在这个条件下，发展到了一个新的顶点，中国的版图进一步统一和稳定。
清王朝从它建立了全国的统治时候起，就遇到了复杂而棘手的和西方国家的矛盾，面临着中国历代王朝从未经历过的险恶的国际形势。特别是沙皇俄国武装入侵中国东北地区，在黑龙江流域长期进行劫掠骚扰，侵犯了中国的领土完整，破坏了中国边疆各族居民的和平生活，也威胁到了清朝政府的统治。中国各族人民和清政府不得不增强防御，对沙俄侵略势力进行自卫反击。
17世纪中叶，沙俄殖民主义者开始窥视中国领土。1643年，雅库次克督军戈洛文派出以文书官瓦西里·波雅科夫为首的一支远征军，共133人，携带枪支弹药向黑龙江窜犯。这伙侵略者到处烧杀抢劫，无恶不作。他们的残暴行径，遭到当地达斡尔族人民的英勇抗击。到1646年春返回雅库次克时，全队133人只有53人生还。
1650年一月，叶罗菲·哈巴罗夫率领70名哥萨克越过外兴安岭，侵入中国黑龙江流域，窜到雅克萨以西。但他看到中国人民已有准备，自己又力量单薄，决定回雅库次克求援。1651年初，他带领137人再次窜到黑龙江上，并武力攻占了雅克萨城。由于中国东北各族人民的英勇抗击，终于把这伙侵略者赶出黑龙江流域。
1665年夏，俄国西伯利亚流放犯切尔尼果夫斯基聚众杀死了俄国伊利姆斯克的督军，然后伙同84人窜到黑龙江流域，重占了雅克萨。他们的侵略行为受到沙皇的赞许，任命切尔尼果夫斯基为阿尔巴津（即雅克萨）总管，发给饷金2000卢布。这样一来，这伙杀人抢劫的强盗，一变成为沙俄的正式官兵。他们得到沙皇政府支持后，更加有恃无恐，不仅在尼布楚和雅克萨建筑寨堡，设置工事，勒索贡税，绑架人质，建立殖民农庄，奴役和镇压当地中国各族居民，而且还不断向黑龙江中下游进行骚扰、扩张。
面对沙俄的疯狂侵略，康熙帝在加强了对中原地区的统治之后，为了保卫边疆不受外来侵犯，决定采取坚决的自卫措施，出兵反击，彻底清除这伙沙俄侵略者。
康熙帝奉行的方针是军事斗争、外交谈判和充实边防三者并举。他总结了中国军民 30多年来和俄国侵略者进行斗争的经验，制订了周密的计划，进行了细致的准备工作。 1682年4月，康熙帝到盛京（今沈阳）谒陵后，由抚顺、兴京、哈达城（今西丰），出柳条边，5月到船厂（今吉林市），航行于松花江上，亲身视察边防情况。9月，康熙帝派副都统郎谈、一等公彭春率领几百人，以捕鹿为名，到雅克萨附近侦察地理形势和水陆交通。1683年1月，郎谈等回到北京报告，认为要攻取俄罗斯并不难，只要发兵3000 人就足够了，并建议立即行动。康熙帝没有同意这种单纯从军事上考虑的意见，认为必须作更充分的准备，先在黑龙江（今爱辉）和呼玛尔两地建城驻兵，储存粮食，修造船只，筹划屯田，开辟驿路，以求战而能胜，胜而能守。
1683年夏天，康熙帝下令设立黑龙江将军，由副都统萨布素担任，驻守瑷珲（今爱辉），并先后3次调兵3000人进驻，保卫黑龙江流域，准备剿灭入侵的沙俄侵略者。
清军在做好军事进攻的同时，为了争取和平解决雅克萨问题，曾多次派人送信给盘踞在雅克萨的沙俄侵略者，要他们撤离中国领土，回到俄国境内，不要扰害中国居民，否则大军进剿，将全部歼灭。但侵略成性的沙俄侵略者，对中国的警告置若罔闻，反而招募新兵，增强雅克萨的兵力，并任命有作战经验的军役贵族托尔布金为阿尔巴津督军，来到雅克萨指挥作战。
康熙帝在对沙俄侵略军多次警告和劝说无效之后，决定出兵剿灭这伙匪帮。1685年 6月，康熙帝派遣都统彭春率兵进抵雅克萨。彭春到达雅克萨后，先派人送去康熙帝致沙皇的信和他本人给雅克萨俄军的咨文，要求俄军撤离中国，对侵略者发出最后警告。
6月23日，清军统帅部移至雅克萨城下和俄方对话，俄方顽固，且出言不逊。6月24日，清军列阵，包围雅克萨。25日，有一队俄军从黑龙江顺流而下，企图冲进雅克萨，被清军拦截，在江上展开激战，毙伤俄军40多人。接着，清军架起大炮，向雅克萨猛烈轰击，俄军伤亡严重，心胆俱裂，走投无路。在清军的劝降下，俄军头目托尔布金竖起了降旗。清军接受了俄军的投降，并对他们采取宽大态度，准许700多名俄国人撤出雅克萨，经额尔古纳河，返回俄国。另有巴什里等45名俄兵不愿回国，要求留在中国，随清军回到瑷珲。
托尔布金从雅克萨退到尼布楚，但侵略中国的野心不死，仍想卷土重来。这时，由彼顿率领的600名援军到达尼布楚，俄军的力量增加了。同时，他们打听到，清军战胜后已全部撤回瑷珲，并没有在雅克萨留兵驻守。因此，托尔布金和彼顿立即率军重新占据雅克萨，并全力构筑城堡工事，筹集粮草，妄图负隅顽抗。
俄军再占雅克萨，清政府不得不再次出兵。1686年3月，康熙帝下令：今俄军复回雅克萨筑城盘踞，若不速行扑剿，势必积粮坚守，图之不易。令将军萨布素等率所部 2000人，攻取雅克萨城。7月，萨布素奉命率所部2000余人及福建藤牌兵400人进抵雅克萨，随即围城进攻。经过两个多月的攻城和围困，俄军损失惨重。9月底，俄国头目托尔布金被击毙，城中俄军大多战死或病死，800多俄军最后只剩66人，粮食弹药也消耗殆尽，困守雅克萨的俄军只有坐以待毙。
康熙帝为了彻底解决沙俄侵略黑龙江流域的问题，以求得边界上稳定的和平，多次写信给沙皇，谴责俄国对中国的侵略，建议他撤回侵略军，派使议界。1686年9月，清政府又委托从北京回国的荷兰使臣宾显巴志带信给俄国沙皇，建议两国休兵，举行谈判，共同议定边界。
1686年11月，正当雅克萨围城旦夕可下的时候，一批俄国信使，由文纽科夫和法沃罗夫率领，从莫斯科来到了北京，递交沙皇要求解除雅克萨的包围和派使臣戈洛文来华议定边界的信件。康熙帝同意了俄国沙皇的请求，下令停止战斗，解除对雅克萨的包围，并实现单方面撤军。11月底，清军停止进攻。1687年5月，清军撤离雅克萨返回瑷珲，等待俄国使团的到来。进行两年多的雅克萨战争至此结束。
这场战争，是中国人民和清政府反击沙俄侵略，驱逐入侵者，收复被侵占领土而进行的一次自卫的正义战争。