這上百萬字的手稿，大部分是在討論妙不可言的神學，牛頓相信聖經裏暗藏著人類歷史的預言。牛頓到臨終時仍在孜孜探求卻未能成功。
大約在1940年代，由捷克首府布拉格一位拉比（rabbi,猶太教的教士）叫魏斯曼德（H.H.D.Weissmande）的拉比發現，在舊約第一書《創世記》的開端，每隔五十個字母跳讀，就可拼出"Torah"。有《出埃及記》以同樣的間隔跳讀，同樣可拼出"Torah"，《利未記》，《民數記》和《申命記》亦然。魏斯曼德的發現強有力的爲聖經密碼的研究指出了一條路。尤其是高速計算機的出現爲聖經密碼的研究成爲可能。
伊利雅胡．芮普斯(Eliyahu Rips)博士是耶路撒冷的希伯來大學的數學教授，是當世頂尖羣論專家之一，芮普斯發展出一套精密的數學運算模式，以電腦程式來執行，即可證實舊約的確是以密碼書寫。不過，他在最後突破上遲滯不前，始終無法簡捷利落地證實聖經密碼存在。他後來碰到另一位以色列人，物理學家道倫¨魏茨滕（Doron Witxztum）。他在電腦程式上完成了芮普斯發展出的精密數學運算模式。使得簡捷利落地證實聖經密碼存在成爲可能。
爲了找出密碼，芮普斯去除所有的字間距離，把整本的希伯來原文聖經變成一個連貫的字串，總長三十萬四千八百零五個字母。實際上是把摩西五書還原爲聖賢所說的原狀。根據傳說，摩西從上帝手中接受的聖經就是「字字相連，無一中斷」。
電腦以跳躍的方式，在字串中找尋名字、單字和片語。從聖經的第一個字母開始，找尋每一種可能的跳躍序列——從跳過一、二、三個字母，依序到跳過數千個字母，看看能拼出什麼字；然後再從聖經第二個字母開始，如是週而復始，一直到聖經最後一個字母。
電腦找到關鍵的名字、日期和地名無不密密相連——拉賓、艾米爾、特拉維夫、拉賓遇刺之年，都在聖經同一地方。
電腦以兩種測試法記錄字與字之間的組合——同時出現的字詞與字詞之間的距離如何、拼出搜索單字的跳躍間距是否最短。
芮普斯以波斯灣戰爭爲例，說明電腦運作的方式。「我們要電腦找尋薩達姆，」他說。「然後再找相關字，看看它們是否會依正確方式一起出現。結果我們發現，飛毛腿跟俄製飛彈、開戰日和薩達姆的名字密寫在一起。」
這些字詞各自形成字謎。於是，串連在一起的字詞互相交錯，透露出相關的消息。如比爾ܬ克林頓的名字和總統一詞交錯在一起；登陸月球跟太空船和阿波羅十一號，希特勒和納粹，肯尼迪和達拉斯亦然。
經過再三實驗的結果，這種字謎都只能在聖經裏找到，《戰爭與和平》等各類書籍和千百萬種電腦製造的實驗個案都不行。這就使許多人相信聖經裏藏有密碼---人類一，二千年來曾發生的事件和未來將要發生的事。
從聖經密碼中得到的最出名的預言是《聖經密碼》一書作者麥克。德洛斯寧（Michael Drosnin）做出的，他曾經是著名的〈華盛頓郵報〉和〈華爾街日報〉的記者。他寫道，「一九九四年九月一日，我飛往以色列，在耶路撒冷會見伊茲哈克．拉賓總理的至 交好友，詩人查伊姆．古裏(Chaim Guri)。我交給他一封信，他則立即轉交給拉賓總 理。「有位以色列數學家已經發現聖經中暗藏密碼，透露聖經成書後數千年來重大事 件的詳情。」我在信中寫道。「我所以告訴你這件事，是因爲你的全名伊茲哈克．拉賓唯一在聖經密碼出現的 一次，赫然有『刺客將行刺』幾個字跟你的名字交叉。」[此事千萬不可輕忽，因爲安瓦爾．沙達特和約翰與羅勃．甘乃迪兄弟遇刺事件 也在聖經密碼的記載中；已沙達特的個案而言，兇手的姓氏名字.行兇日期和作案方式 都一一名列。」「我認爲你將有大難，但這危機是可以避免的。」一九九五年十一月四日，有位自稱替天行道的男子一記黑槍，赫然證實三千年前 密書於聖經中的兇手確有其人。
拉賓遇刺，戲劇性的證實了暗藏於舊約字裏行間的聖經密碼預視未來的真實性。」「 在聖經密碼中發現的當代重大事件，不只拉賓遇刺這一樁。除了沙達特和甘乃迪遇刺事件之外，還有幾百起舉世震動的事件，也都封存於聖經密碼之中，從二次世界 大戰到水門事件，從納粹大屠殺到廣島原子彈，從登陸月球到彗星撞木星，不一而足。 此外，還有事先發現的事件也不只拉賓遇刺這一樁。彗星撞木星和波灣戰爭，都 是在事件未發生之前，就已經在聖經中找到正確日期。」
德洛斯寧在書中寫道：「美國政府最高特勤機關『國家安全局』，設在華府附近的祕密監聽站有位資深解參碼專家，獲悉以色列有此驚世駭俗的發現之後，決定一探究竟。畢生爲美國情報機關寫碼和解碼的哈洛德．甘斯(Harold Gans)，原是統計學家，也