這次港府拒馬英九入境，香港媒體普遍認爲，決策者是北京政府，主要因爲他反對北京最近出臺的「反分裂法」。所以北京認爲，在今年3月份人大開會討論之前，馬英九不宜訪港。
馬英九是臺灣人氣很旺的政治明星，知名的統派人物，北京此次幕後操縱，拒絕他入境，遭港臺媒體一致炮轟，港府十分難堪，拒絕發表任何公開評論。 蘋果日報特約評論員張華表示：「無論從任何角度看，這都是極愚蠢的決定。」
*反分裂法掀軒然大波
中國12月17日宣佈擬定的「反分裂國家法草案」，定於今年3月將在全國人大討論。這是中國人大首次針對臺灣問題立法，在兩岸關係問題上掀起軒然大波。負責臺灣事務的中國國臺辦主任陳雲林目前正在美國訪問，1月5日(星期三)陳雲林和美國副國務卿阿米蒂奇舉行了會談，主要討論北京提出的反分裂法。
反分裂法在臺灣朝野引起強烈反彈。臺灣認爲，反分裂法是中國企圖透過單方面的立法用立法方式改變臺海現狀，爲日後武力攻打臺灣提供法律上的藉口。包括馬英九在內的一些支持「一箇中國，各自表述」的泛藍重量級人物也呼籲中共停止這樣傷害臺灣人民感情的立法行動。
中國則表示，這項法案的目的是「遏制臺灣分裂勢力，促進該地區的和平與穩定」。目前中國還沒有公佈這項法案的細節，不清楚是否會明確規定一旦臺灣正式宣佈獨立，北京將會採取軍事行動。
在北京試圖通過法律手段反對臺獨的同時，中國外交部最近還提出的「一個重要準備、兩個一切、三個最大程度」的對臺外交鬥爭最高原則。
「一個重要準備」指的是在加緊對臺軍事佈局的同時做好因應發生重大臺獨事變的外交準備工作。「兩個一切」指的是整合一切資源、調動一切手段鞏固和發展國際社會承認「一箇中國」的格局和「我強臺弱」的戰略態勢。「三個最大程度」指的是最大程度加大對臺獨勢力的壓力、最大程度加大對臺灣人民的拉力以及最大程度擠壓臺灣的國際空間。
華盛頓郵報認爲，中共歷來慣用藉煽動民族主義情緒來鞏固政權及個人權力基礎。本星期一(1月3日)，海基會董事長辜振甫因爲腎功能衰竭病逝。有學者表示，自從前臺灣總統李登輝1999年提出「兩國論」後，兩岸政府幾乎不相往來。如今辜振甫過世後，兩岸關係已失去象徵意義。
*從「馬旋風」到被拒登港
2001年馬英九訪問香港時，董建華高規格接待，親共媒體大幅度報導，當時香港颳起了「馬旋風」。政治評論家認爲，當時北京是想利用馬英九的聲望來打擊臺灣總統陳水扁。
2002年12月29日，馬英九親自出席法輪功臺北法會並講話。
而熟讀孔子《論語》、畢業於哈佛大學法律專業的馬英九顯然有自己的一套原則。十幾年來，他每年參加紀念六四的活動。同情和支持遭受中共殘酷迫害的法輪功團體，2002年12月29日，法輪功學員在臺北舉行修煉心得交流會，馬英九親自出席大會並講話。他表示信仰自由是普世價值和基本人權，看到法輪功學員在大陸被迫害、被殺害，心中非常不忍。他更強調出席法輪功活動，「不擔心會得罪哪一個政府、哪一個政權」。馬英九爲法輪功站臺的照片和講話當時在北美「世界日報」頭版刊登，引起中共的惱怒和輿論攻擊。
從2001年的「馬旋風」到日前馬英九被拒入境，港府始終是個影子和中介角色。幾年下來，人氣很旺、反對臺獨的泛藍政治明星馬英九顯然不認同中共，而且雙方是越行越遠。亞洲時報說，這次事件起了一個北京或香港都意料不到的效果，就是爲馬英九澄清了他被指「親共」的說法。