由於賴昌星與中共高層關係密切，手中握有大量中共黨政軍高層官員不可告人的祕密，甚至有中共政治局常委級人物的把柄，有輿論指出，賴昌星遣返，這些祕密將成爲中共政壇各派系在政治鬥爭中討價還價的籌碼。

據東方日報報導，當初中共中紀委四二○專案組查辦遠華走私案查到省部級便嘎然而止，涉案查處的最高官員是福建省委副書記石兆彬、總參二部部長、前港澳辦主任姬鵬飛之子姬勝德等。賴昌星潛逃加拿大後，更是帶走諸多祕密。同時多有傳聞，遠華案並非如此簡單，當中牽涉更高層官員，甚至在軍方內部仍沒有曝光。

報導認爲，賴昌星當初在政壇千絲萬縷的關係及各種不爲人知的牽連事件，便成爲中共當局進行整軍肅政的重要工具。甚至有人聲稱，誰現在掌握賴昌星，誰將在中共目前激烈的政治鬥爭中掌握主動權。

賴昌星與現政治局常委賈慶林，中央組織部部長賀國強，前中共國防部長遲浩田等均有瓜葛。據海外媒體2004年2月的一條新聞報道，賈慶林、賀國強、遲浩田都收受過賴昌星的錢，幫助賴昌星走私。