由于赖昌星与中共高层关系密切，手中握有大量中共党政军高层官员不可告人的秘密，甚至有中共政治局常委级人物的把柄，有舆论指出，赖昌星遣返，这些秘密将成为中共政坛各派系在政治斗争中讨价还价的筹码。

据东方日报报导，当初中共中纪委四二○专案组查办远华走私案查到省部级便嘎然而止，涉案查处的最高官员是福建省委副书记石兆彬、总参二部部长、前港澳办主任姬鹏飞之子姬胜德等。赖昌星潜逃加拿大后，更是带走诸多秘密。同时多有传闻，远华案并非如此简单，当中牵涉更高层官员，甚至在军方内部仍没有曝光。

报导认为，赖昌星当初在政坛千丝万缕的关系及各种不为人知的牵连事件，便成为中共当局进行整军肃政的重要工具。甚至有人声称，谁现在掌握赖昌星，谁将在中共目前激烈的政治斗争中掌握主动权。

赖昌星与现政治局常委贾庆林，中央组织部部长贺国强，前中共国防部长迟浩田等均有瓜葛。据海外媒体2004年2月的一条新闻报道，贾庆林、贺国强、迟浩田都收受过赖昌星的钱，帮助赖昌星走私。